目前,对于微生物分类的方法有很多,但是就微生物到底分为那几类： 通常分为细菌、真菌、放线菌、螺旋体、支原体（霉形体）、衣原体、立克次氏体、病毒这么几大类，现在人们又把朊病毒(锯蛋白)也加进来了，它被怀疑是疯牛病的病原。大致就是这样，没有发现更新的分类法。 微生物分类目前采用的当然还是其结构的不同进行分类，分为 　　原核细胞型 　　真核细胞型 　　非细胞型 　　其中原核细胞型又根据其生物学特性的不同分为不同的类别：细菌、放线菌、螺旋体、支原体、衣原体、立克次氏体。 　　当然在这种分类上有些是有不同见解的，比如放线菌，由于其有菌丝、孢子、并以孢子分裂方式进行繁殖，以前把它归为真菌类。 而现在认为它只有一个拟核，应和细菌相似，所以认为它是一种界于细菌和真菌之间的微生物，在分类上仍属于原核细胞型。随着人们对微生物的研究和认识程度的逐渐深入，在不同时期人们对微生物的分类也不一致，目前人们倾向于微生物分类的三域学说。 人类在发现和研究微生物之前，把一切生物分成截然不同的两大界－动物界和植物界。 随着人们对微生物认识的逐步深化，从两界系统经历过三界系统、四界系统、五界系统甚至六界系统，直到70年代后期，美国人Woese等发现了地球上的第三生命形式－古菌，才导致了生命三域学说的诞生。该学说认为生命是由古菌域（Archaea）、细菌域（Bacteria）和真核生物域（Eucarya）所构成。 古菌域包括嗜泉古菌界（Crenarchaeota）、广域古菌界（Euryarchaeota）和初生古菌界（Korarchaeota）；细菌域包括细菌、放线菌、蓝细菌和各种除古菌以外的其它原核生物；真核生物域包括真菌、原生生物、动物和植物。 微生物的种类繁多，有数十万种以上。按其大小，结构，组成等，分为三大类：

1。非细胞型微生物：最小。无典型的细胞结构，无产生能量的酶系统，只在活细胞内生长繁殖。核酸类型为DNA活或RNA,两者不同时存在。病毒属于这一类。

2。原核细胞型微生物：这类微生物的原始核为环状裸DNA团状结构，无核膜，核仁，细胞器很不完善，只有核糖体。 DNA和RNA同时存在。这类微生物种类繁多，有细菌，支原体，衣原体，立克次氏体，螺旋体和放线菌。由于后五类结构和组成与细菌相似。将其列入广义细菌范畴。

3。真核细胞型微生物：细胞核分化程度高，有核膜与核仁，细胞器完整。真菌属此类。 不同于以上三类微生物的一个特殊：前一时期的疯牛病的病原体是朊粒（prion)又称传染性蛋白粒子，是医学生物学领域中至今未彻底弄清的一种蛋白质传染因子。 其最主要成分是一种蛋白酶抗性蛋白（PrP),至今未发现核酸，对各种理化因素抵抗力强。具有传染性，潜伏期长。在人和动物中引起海绵状脑病（TSE）为特征的致死性中枢神经系统的慢性退化性疾患。1997年Prusiner因为发现PrP和TSE高度相关，并且对PrP进行了生化，分子生物学，免疫组化和转基因动物实验而获得诺贝尔奖。

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